Cartman a fait un rêve bizarre, il s'est fait enlever par des aliens. Bientôt, Ike, le frère de Kyle, se fait enlever, des vaches se font mutiler, et des aliens sont aperçus dans la ville... Kyle ne peut même pas compter sur Stan, qui a un rendez-vous avec Wendy.

Cartman parvient à gagner le premier prix d'un concours de rédaction. Déçue, Wendy essaye de tout faire pour prouver qu'il a triché. Ce concours amène aussi un évènement de taille à South Park, l'arrivée de Kathie Lee Gifford. Toute la ville va faire en sorte de bien l'accueillir, sauf Monsieur Garrison, qui préférerait la voir mourir.

Pour former Stan à la chasse, Ned et Jimbo emmènent les quatre enfants pour un camping sauvage. Kenny s'en donne à coeur joie, si bien que Jimbo ne voit plus Stan, qui ne peut même pas tuer un petit lapin. De son côté, Cartman tente de prouver la véracité de son histoire sur Kukrapock. Seul hic, leur point de chasse est sur la cime d'un volcan, qui va entrer en éruption: la Maire organise les secours des enfants et de la ville, tout en profitant pour faire un coup médiatique.

Stan a un nouveau chien, Sparky. Un petit détail, il est homosexuel, et il faut tout faire pour l'en empécher. Stan a également une grande pression sur les épaules, il est le quaterback de l'équipe des vaches de South Park et Jimbo a tout parié sur lui pour le match contre Middle Park...

Suite au cours de Monsieur Garrison sur le génie génétique, Kyle soutient qu'il pourrait mélanger les gênes de son éléphant avec celui du cochon de Cartman. En réponse, Terrence les met au défi de réussir ce mélange génétique avant qu'il ait créé un clone humain. Terrence est cependant avantagé, il est le fils de Mephesto, le savant fou de South Park. Dans le même temps, Stan doit affronter une dure épreuve: l'appareil dentaire de sa soeur, Shelley, lui donne des impulsions de violence envers le petit Stanley.

Après 102 ans de vie, le grand-père de Stan ne rêve que d'une seule chose: mourir. Il propose même à Stan de l'aider à se suicider en échange de quelques dollars. Au même moment, une nouvelle série fait son apparition: Terrance et Phillip. Étant trop vulgaire au goût de Madame Broflovski, tous les parents de South Park s'assemblent pour obtenir l'arrêt définitif de la diffusion. Pour couronner le tout, une épidémie de gastro-entérite sévit sur la ville.

C'est Halloween et toute la ville se prépare pour la fête. Les enfants font un concours de déguisement, et Kenny se fait écraser par la station Mir. Dans la morgue, de la sauce Worcestershire tombe malheureusement dans le liquide d'embaumement de Kenny, qui se réveille et se met à bouffer des cerveaux. Le diagnostic est sans appel: conjonctivite.

Cartman fête son anniversaire et invite tous ses camarades de classe. Tous, sauf Pip et Damien, un petit nouveau qui se prétend être le fils de Satan. Mais la fête tourne mal et tout le monde est contraint de partir. Pendant ce temps là, tout South Park se prépare au combat qui va opposer Jésus à Satan, en pariant sur ce dernier...

Les quatre gamins voient une pub à la télé, où on leur promet, en échange d'un soutien envers un petit Africain, une montre à quartz. Malheureusement, au lieu de recevoir la montre à quartz, ils reçoivent un petit Éthernopien, Pascal la Dalle. Ce dernier essaye de s'habituer au mode de vie Américain, très différent de celui de son pays, que Cartman finira par découvrir, contre son gré...

C'est Noël, et tous les enfants de South Park attendent avec hâte la venue du Père Noël pour recevoir tous leurs cadeaux... Tous, sauf Kyle et Ike Broflovski, car ils sont juifs. Chez eux, on fête le Hanuka. Mais Kyle se sent seul, c'est alors qu'apparaît à lui Monsieur Hankey, le petit Caca Noël, qui deviendra l'un de ses meilleurs amis.

La principale Victoria annonce que Monsieur Garrison est absent, et que par conséquent, c'est Mademoiselle Ellen qui va le remplacer durant son absence. Stan tombe alors amoureux de sa maîtresse, et Wendy devient jalouse. Pendant ce temps là, Monsieur Garrison se fait refaire le visage, et sort de la clinique avec le visage de... David Hasselhoff.

Barbara Streisand veut contrôler le monde. Mais pour ça il lui faut récupérer la pièce archéologique que Kyle a trouvé. Mais ce dernier est bien décidé à ne pas lui rendre. Malheureusement, elle finit par la récupérer. Leonard Maltin, Sydney Potier et Robert Smith viennent alors en aide aux enfants.

Cartman est bizarre depuis quelques jours. Il ne va plus à l'école, ne regarde plus la télé et joue avec des poupées. Il ne comprend pas pourquoi il n'a pas de père et il cherche alors à découvrir qui est ce dernier. Mais la tâche est difficile, car à South Park, tous les hommes ont déjà couché avec Mme Cartman (sauf Halfy, mais il ne compte pas car il est infirme).